Conform unei teorii ezoterice, mayaşii ar fi codificat informaţii sacre în cele 13 cranii de cristal (12, după unele păreri), iar, la o anumită dată, acestea s-ar putea activa, facilitând accesul omenirii la aceste informaţii, odată cu saltul evolutiv al conştiinţei. Aceeaşi teorie spune că atunci oamenii îşi vor reaminti faptul că ei sunt fiinţe de lumină, materializate pe Pământ pentru a experimenta fizicalitatea şi timpul, şi că tot în lumină se vor întoarce, la sfârşitul vieţii fizice.
Se mai spune că indienii cherokee credeau că 12 planete locuite din sistemul nostru solar aveau câte un craniu de cristal, în care era memorată întreaga lor istorie. Al 13-lea, cu care formau un sistem, se afla pe Pământ, împreună producând un flux electric extrem de puternic. O versiune a acestei teorii ne spune că, de fapt, ar exista 52 de cranii de cristal, dintre care 13 s-ar afla în posesia mayaşilor. Acestea fuseseră aduse pe Pământ de fiinţe din afara Terrei şi conţineau date codificate despre istoria Cosmosului, date care urmau să fie dezvăluite şi pământenilor atrunci când aceştia vor putea să le înţeleagă.
Încă din secolul trecut, povestea celor 13 cranii de cristal a suscitat atenţia şi interesul lumii. Au fost găsite în mai multe zone din America de Sud şi Centrală. Au fost vândute şi revândute de sute de ori de-a lungul secolului. Nu se ştie cum au fost construite, au dimensiuni perfecte şi nu pot fi reproduse exact, deşi falsurile au constituit un adevărat blestem, ştirbindu-le importanţa lor şi afectând interesul public. Pe piaţa mondială există sute de cranii de cristal, unele muzee deţinând chiar exemplare false.
Specialiştii în prelucrarea cristalelor afirmă că felul în care au fost tăiate aceste obiecte este atipic şi este aproape imposibil ca ele să fi fost realizate de mâna unui om. Şeful catedrei de cristalografie şi mineralogie de la Universitatea din Pasadena, John Rowen, susţine această idee, explicând: „Un cristal creşte pe trei planuri diferite, de-a lungul unor axe cristalografice, în funcţie de unghiul în care se află aceste planuri, se formează feţele pietrei. Dacă un cristal e prelucrat în sens invers axelor sale, materialul se sparge pur şi simplu în bucăţi foarte mici. Ţinând cont de mijloacele tehnice existente astăzi, e imposibil de realizat aşa ceva”. De asemenea, Rowen spune că niciunul dintre craniile descoperite nu prezintă urme de şlefuire: „Sunt făcute dintr-un singur bloc de cristal şi nu se vede vreo urmă pe care ar fi lăsat-o, cu certitudine, orice obiect folosit pentru modelarea craniilor. Singura explicaţie logică e că aceste obiecte au fost realizate doar prin frecarea cu mâinile, lucru posibil. Însă, pentru modelarea unui singur craniu, ar fi fost nevoie de cel puţin 600 de ani, şi asta datorită durităţii materialului şi complexităţii obiectelor”.