John Dee s-a nascut in Londra, pe 13 iulie 1527. El a mers la colegiul St. John din Cambridge la varsta de 15 ani, in 1542, unde a studiat matematica si astronomia, primind diploma de bacalaureat doi ani mai tarziu. Dupa ce si-a dat primul grad, a calatorit in Olanda, unde s-a intalnit cu multi invatati. Cand s-a intors in Anglia, a primit o diploma de licenta in arte, dar a fost curand fortat sa paraseasca Anglia, fiind acuzat ca ar fi conjurator, din cauza unei masini pe care o construise.
In timpul primului sau sejur in afara Angliei, a mers mai intai la Louvain, Franta, apoi a petrecut un timp in Paris, tinand lecturi despre Elementele lui Euclid si bazele geometriei, la Sorbona. I s-a oferit un post permanent acolo, dar a refuzat pentru a se intoarce in Anglia, unde fusese recomandat pentru postul de rector. In timp ce-si indeplinea sarcinile de rector, cu siguranta unui camin si a unui venit constant, Dee s-a dedicat in mod exclusiv studiilor astrologice. Cu toate acestea, dupa ascensiunea reginei Maria, cunoscuta si drept Maria Sangeroasa, in 1553, a fost acuzat de folosirea de vraji impotriva vietii reginei, fiind intemnitat la Hampton Court.
Astfel de acuzatii de vrajitorie si magie au chinuit viata lui Dee, in ciuda numeroaselor sale realizari stiintifice. Dee a spus in traducerea sa „Elementele lui Euclid” ca era privit ca un insotitor al cainilor iadului, un conjurator al spiritelor rele si damnate. In 1555, Dee a fost eliberat.
Averea lui Dee a inceput sa se adune dupa ascensiunea Elisabetei I, datorita faptului ca Lordul Morley, unul dintre favoritii reginei, i-a cerut lui Dee sa aleaga o zi propice pentru incoronarea reginei. Elisabeta l-a intalnit pe Dee si a fost impresionata de el, incat l-a pus sa-i dea lectii de astrologie. La scurt timp, Dee a mers din nou pe continent pentru mai multi ani, calatorind prin toata Europa.
In 1571, Dee a cumparat un conac, unde a inceput sa stranga o colectie de carti, manuscrise si obiecte ciudate, majoritatea fiind distrusa mai tarziu de multimea care credea ca Dee este familiar cu diavolul si confiscata de regina dupa 1583. Colectia includea 4.000 de carti rare si 700 de manuscrise alese, multe dintre care se gasesc in Muzeul Britanic.
Dee a devenit cunoscut si ca astronom, cat si astrolog, multi oameni consultandu-l pentru sfaturi. El a practicat astrologia pentru a-si castiga traiul, dar a studiat Talmudul, teoriile rozicruciene si a practicat alchimia in speranta de a gasi „elixirul vietii” si „piatra filosofala”.

In 1581, Dee a inceput sa experimenteze cu cristalomantia sau divinatia in cristale, un mod de divinatie folosind un glob, un iaz limpede de apa (metoda prin care Nostradamus obisnuia sa-si adune catrenele) sau orice obiect transparent. Conform jurnalului sau, pe 25 mai 1581, cand privea in cristal, Dee a vazut niste spirite si, in urmatorul an, a avut o viziune a ingerului Uriel, care i-a dat o bucata convexa de cristal ce-i permitea comunicarea cu lumea spiritelor. Dupa folosirea cristalului de mai multe ori, Dee a descoperit ca era capabil sa foloseasca cristalul doar concentrandu-si toate facultatile mentale asupra acestuia. Concentrarea de acest tip poate duce la iluzii puternice, acestea la nebunie, si se credea in general ca Dee nu vedea nimic, ci doar se amagea singur.